বিশেষ করে, যাদের অ্যাসিডিটি বা গ্যাস্ট্রিকের সমস্যা আছে, তাদের জন্য খালি পেটে লেবুর জল খাওয়া ক্ষতিকর হতে পারে। লেবুর মধ্যে থাকা অ্যাসিড অ্যাসিডিটি আরও বাড়িয়ে দিতে পারে এবং পেটে অস্বস্তি সৃষ্টি করতে পারে। এছাড়াও, অতিরিক্ত লেবুর জল পানে দাঁতের এনামেল ক্ষতিগ্রস্ত হতে পারে এবং বুক জ্বালাপোড়া হতে পারে।