আর সেই উস্কানিমূলক মন্তব্যের পরেই বৌবাজার থানায় মিঠুনের বিরুদ্ধে অভিযোগ জানানো হয়। আর সেই নিয়ে ইতিমধ্যেই তদন্ত শুরু করেছে পুলিশ প্রশাসন। যদিও মিঠুনের উস্কানিমূলক মন্তব্য নিয়ে সমর্থন করেছে বঙ্গ বিজেপি। বিজেপি নেত্রী অগ্নিমিত্রা পাল (Agnimitra Paul) বলেছেন, "মিঠুনদা কোনও মন্তব্যের পাল্টা জবাব দিয়েছেন। একটা প্রচলিত কথাই রয়েছে যে প্রতিটি ক্রিয়ার পাল্টা প্রতিক্রিয়া রয়েছে। হুমায়ুন কবীর (Humayun Kabir) যখন বলেছিলেন হিন্দুদের শেষ করে দেওয়া হবে তখন তো তাঁর বিরুদ্ধে কোনও মামলা রুজু হয়নি। তাঁকে কেউ গ্রেফতারও করা হয়নি। এমনকী দলের তরফ থেকেও কোনও পদক্ষেপ নেওয়া হয়নি। কিন্তু যখন মিঠুন চক্রবর্তী এর উত্তর দিয়েছে তখন তাঁর বিরুদ্ধে অভিযোগ দাযের করা হয়ে গেল"।

প্রসঙ্গত, শাহের সভা থেকে মিঠুন হুমায়ুন কবীরের মন্তব্যের পাল্টা বলেছিলেন, "আমাদের এখানে এক নেতা বলেছেন, ৭০ শতাংশ মুসলিম এবং ৩০ শতাংশ হিন্দু রয়েছে। কেটে ভাগীরথীতে ভাসিয়ে দেওয়া হবে। আমি ভাবলাম মুখ্যমন্ত্রী (CM Mamata Banerjee) এই নেতার বিরুদ্ধে কিছু বলবেন। কিন্তু তিনি কিছু বলেননি। কিন্তু আমি মুখ্যমন্ত্রী নই। তবুও বলে রাখছি ভাগীরথী নদী আমাদের মা। আমরা ভাসিয়ে দেব না। বরং আমরা পুঁতে রেখে দেব"।